Klima
Das Klima mit durchschnittlich 25 °C wird weniger von der Temperatur als von den Regenfällen bestimmt. Regen- und Trockenperioden sind wegen der zentral die Insel nord-südlich teilenden Berge regional unterschiedlich. Jährliche Niederschlagsmengen liegen typischerweise zwischen 2.000 und 4.000 mm. Einzelne Gegenden weisen bis zu 11.000 mm Regen jährlich auf. In vier Stunden können 400 mm Niederschlag fallen.
Flora und Fauna
Westneuguinea zeichnet sich - mit nur wenigen Ausnahmen - durch das grundlegende Fehlen biologischer Informationen aus. Dennoch gilt Westneuguinea als die artenreichste Gegend der Welt. Die vorhandenen Ökosysteme bieten die reichhaltigste und vielfältigste Kombination im Tropischen Pazifik: Tieflandregenwald, Bergregenwald, Subalpine Vegetationszone, Torf- und Süßwasser-Sumpfwald, Savanne und Grasland, Mangroven und Meere (unterschieden werden muss wegen der trennenden Berge die Nord- und Südhälfte des Landes sowie die etwas separate Vogelkophalbinsel). Viele Tiere und Pflanzen sind endemisch, kommen also nur hier vor.
Der im Zentrum des Korallendreiecks gelegene Archipel Raja Ampat erwies sich 2001 als eines der weltweit reichhaltigsten tropischen Korallenriffe mit über 75 % der weltweit bekannten Korallenarten und 1200 Fischarten. Westneuguinea ist auch die Heimat von 250 Süßwasserfischen. Die bekanntesten Arten sind die Regenbogenfische und Blauaugen.
Im Gegensatz zur Pflanzenwelt ist die Tierwelt Neuguineas eng verwandt mit der Australiens. Östlich der Wallace-Linie ist die Abwesenheit größerer Säugetiere charakteristisch. Anstelle von Affen gibt es eine große Vielfalt an Beuteltieren, etwa 70 Arten wie zum Beispiel Kuskus, Possum, Beutelmäuse, Bandikuts, Wallabys und Baumkängurus. Von den eierlegenden Säugetieren kommt der bedrohte Langschnabeligel vor. Bekannt sind 36 Paradiesvogelarten (indonesisch: cenderawasih), der giftige Pitohui, bis 1,80 Meter große Kasuare, Krontauben, Papageien, Großfußhühner wie das Buschhuhn, 70 Fledermausarten, Leisten- und Neuguineakrokodil, Schlangen und Warane. Das Lieblingswild der Papua sind verwilderte Hausschweine. Unter den 455 Schmetterlingen finden sind auch sieben der großen Vogelfalter (Ornithoptera spp.).
Die einzigartige Flora zeichnet sich durch eine große Anzahl Palmenarten (Calamus, Sagopalme, Betelpalme, Nipapalme), Mangroven, Araukarien, Rhododendron, 1200 Baumarten (zum Beispiel Schraubenbäume, Katappenbaum, Kasuarinen, Merbau), Kletterpflanzen, Epiphyten, Farne und Orchideen aus. Conservation International schätzt 60 bis 90 % der Pflanzenarten als endemisch ein.
Größte Gefährdung hat der am besten zugängliche Tieflandregenwald. Die Ausweisung eines Schutzgebietes wie des großen Lorentz-Nationalparks bedeutet in Westneuguinea wenig. Straßenbau zieht illegalen Holzeinschlag nach sich. Besonders empfindlich ist die Subalpine Vegetationszone.